故事出现,产生,形成,酿成在名为恩典农场的孤儿院内，在这里日常,生存,生计,日子着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行求学,进修,研习,学业和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离去,分离,离别,离别,分别,分离,别离,分散,远离,分离农场，日常,生存,生计,日子在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。                                    
                               　　一次偶然中，艾玛发现了隐藏在这座孤儿院背后的秘密，那些离去,分离,离别,离别,分别,分离,别离,分散,远离,分离的孩子根本就没有被领养，而是被屠宰了，日常,生存,生计,日子在恩典农场的孩子们，其实就是这座农场所饲养的“牲畜”。

　　某天，一个都市消灭了——                                    
　　独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲传来的信息，而起始,开端,肇始,启始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的想念,惦记,挂念,牵挂，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并逐渐逼近消灭都市的谜团。                         

　　少女宫下藤花，当她察觉到“世界之敌”的时候便会诞生出另一个名为“不吉波普”的人格。围绕着各种奇怪的事件，少年与少女们的故事慢慢展开了——                        

　　“名侦探柯南系列”第23部动画剧场版，票房和口碑也屡破纪录。作为平成年代最后一部柯南电影，首次将案件出现,产生,形成,酿成地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。
　　故事围绕着19世纪末与海盗船一同沉入海底、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”展开。