本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学子,门生,弟子,学员，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。                                    
                               　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情出现,产生,形成,酿成了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤寂,寂寥,冷寂,寥寂,孤寂,寂寥,孤单的观测者。                                    
                               　　这一切都是命运石之门的抉择,挑选,取舍,取择。

　　2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和妈妈,母亲大人,娘亲,老妈妈住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。
　　经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了猜疑,疑惑,质疑,存疑，城市里也频繁出现,产生,形成,酿成恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐相识,明白,明了,知晓,理解,认知,懂得到了NO.6的真相，而危险远没有离去,分离,离别,离别,分别,分离,别离,分散,远离,分离他们……