上古时期，因人类的怨念杀戮而生的魔王阿尔萨，在西方大陆召集了亡灵军团屠戮生灵，西方圣殿骑士组成屠魔小队来到东原大陆寻求圣剑来封印阿尔萨。然而阿尔萨已经在东原大陆发起了进攻。西方圣殿骑士团联合东方巡夜山宫等武林门派共同抵抗封印阿尔萨。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
