在7年前在煤矿深处发现了不明身份的怪物的乡下小镇，疫病的传言流传开来，在心脏病患者新增的过程中，修验道者的年轻人贤一失踪了。贤一是活生生的木乃伊，为了拯救这个世界而进行的终极修行，就变成了神佛。然后，贤一醒过来说：“祓除被妖怪附身的世界。”
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
