「沈黙のパレード」の4年前に起きた事件を描く「ガリレオ 禁断の魔術」。帝都大学の准教授である湯川のもとを刑事の草薙俊平と、部下の牧村朋佳が訪れる。殺害されたフリーライター・長岡修の部屋から、突然倉庫の壁に穴が開くという奇妙な動画ファイルが見つかったのだ。動画を観て珍しく興味を抱く湯川。「映像が撮影された場所を見せてくれ」と言う湯川のただならぬ様子を気にかけつつ、草薙は牧村とともに現場へ向かう。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
